食品用菌种是应用于食品生产的细菌、酵母和霉菌，可分为两类：一类是具有发酵工艺作用的菌种；另一类是具有功能作用，可给予宿主健康益处的菌种，即益生菌。食品用菌种在食品发酵工业的发展中起着十分重要的作用。世界各国和地区对食品用菌种的安全性评估、审批程序、名单管理和监督管理日益严格和规范。食品伙伴网研究了各国和地区对食品用菌种的监管，为食品生产企业使用菌种提供参考，具体介绍如下。 

　　1.中国

　　1.1中国大陆 

　　在我国，国家卫健委负责管理食品用菌种名单，主要包括《可用于食品的菌种名单》《可用于婴幼儿食品的菌种名单》《可用于保健食品的益生菌菌种名单》和《可用于保健食品的真菌菌种名单》，以及新食品原料公告中批准的菌种。除以上名单中的菌种外，传统上用于食品生产加工的菌种允许继续使用。例如：冠突散囊菌使用范围为茶叶，属于《可用于食品菌种名单》中有关“传统上用于食品生产加工的菌种允许继续使用”的范畴。另外，中国食品发酵工业研究院和原国家卫计委的专家在《中国传统发酵食品用微生物菌种名单的研究》一文中对中国常见传统发酵食品的微生物相关文献进行了调研、汇总、分析梳理，收集了在关键发酵工艺中发挥主要功能作用的微生物菌种信息，提出了我国传统发酵食品用菌种名单。食品生产企业可参考以上名单在食品中使用菌种。 

　　1.2中国台湾 

　　“台湾卫生福利部”负责监管中国台湾地区食品用菌种的使用。在“可供食品使用原料汇整一览表”数据库中列举了可用于食品的菌种。该数据库中的食品原料不具有传统食用习惯，类似于我国的新食品原料。另外，“台湾卫生福利部”网站会公布审核通过的健康食品（保健食品），可查询产品配方中使用的益生菌。 

　　2.美国 

　　美国食品药品管理局（FDA）主要通过公认安全使用物质（GRAS）管理食品用菌种。1958年之前在美国有传统食用习惯的菌种可列入GRAS清单。1958年之后在食品中使用的菌种，FDA依据科学程序对申请单位提交的材料进行评估以决定是否纳入GRAS清单。FDA官网的“GRAS通知”数据库可查询通过FDA评估的菌种。另外，《美国药典》与《美国食品化学品法典》联合于2012年1月3日提出了食品用益生菌的推荐标准，包括一个益生菌名单。

 　 3.欧盟 

　　欧盟食品安全局（EFSA）建立了安全资格认证（QPS）体系，旨在管理有传统食用习惯的菌种。由于传统食用习惯已经可以证明菌种的安全性，EFSA建立了简易的风险评估程序评估这些菌种的安全性，通过后纳入QPS列表并获得授权使用，列表每年更新一次，并发布在EFSA官网。对于无传统食用习惯的菌种，EFSA对其进行全面的风险评估，通过后由欧盟委员会批准纳入新食品名单中方可使用。欧盟法规(EU) 2017/2470可查询被批准为新食品的菌种。